次氯酸鈉進行消毒，要提前清除物件表面上有機的物質，有機物可能會消耗有效的氯，降低消毒的實際效果，次氯酸鈉對金屬等的具有明顯的腐蝕作用，次氯酸鈉溶于水，可產生次氯酸。次氯酸是一種強氧化劑， 能水里的細菌。次氯酸能使染料和有機色質褪色，可用作漂白劑。溫度和紫外光對次氯酸鈉的穩定性有很大影響。隨著溫度或光照(尤其是紫外光)的增加，次氯酸鈉溶液的分解率明顯加快。
沖洗時不可加壓，針頭不可堵住根管，以免溶液超出根尖孔，損傷根尖周圍組織。為了使藥液達到根尖1/3處的根管，應在根管預備充分通暢后使用。次氯酸鈉的消毒效果好、投加準確、操作安全、使用方便，對環境無，不存在跑氣、泄漏情況，可以任意環境工作狀況下投加次氯酸鈉。溫度和紫外光對次氯酸鈉的穩定性有很大影響。隨著溫度或光照(尤其是紫外光)的增加，次氯酸鈉溶液的分解率明顯加快。
次氯酸鈉在使用中需要注意的事項是使用次氯酸鈉消毒要選擇適宜殺菌濃度的液體，謹防產生濃度越果就越好的誤區。次氯酸鈉的水解會受pH值的影響，當pH超過9.5時就會不利于次氯酸的生成，而對于ppm級濃度的次氯酸鈉在水里幾乎是完全水解成次氯酸，其于99.99%。次氯酸鈉的滲透能力比較強，它能滲入到動植物的細胞壁、病毒的外殼，使菌體蛋白變性而致死。它在分解時是可以形成生態氧的，
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